Er zijn twee verschillende vaccins beschikbaar : Rotarix™ (een geattenueerde humane G1P[8] stam), en RotaTeq™ (runderrotavirus waarbij de buitenste capside proteïnen werden vervangen door de belangrijkste humane genotypes G1, G2, G3, G4 en P[8]).

In een recente studie werd voor RotarixTM in België een bescherming van 95% waargenomen tegen G1P stammen en een bescherming van 85% tegen G2P[4] stammen.

Om de invloed van vaccinatie op de genotypedistributie te kunnen monitoren wordt in het Universitair Ziekenhuis Gasthuisberg in Leuven sinds 1999-2000 het genotype bepaald van rotavirussen bij gehospitaliseerde patiënten.
Het absolute aantal gevallen verminderde van een gemiddelde van 190 per jaar in de pre-vaccin periode naar 93 in het seizoen 2006-2007. Data van de periode 1999-2006 (periode voor vaccinatie) toonde zeer sterke seizoensgebonden schommelingen aan in de distributie van verschillende rotavirusgenotypes (G1-G4 en G9), waarbij G2 echter nooit in meer dan 15% van de gevallen werd waargenomen. In 2006 werd begonnen met rotavirusvaccinatie in België. In de drie daaropvolgende rotavirusseizoenen (2006-2009) werd waargenomen dat het G2P[4] genotype steeds voor een groter deel (31,5%, 36,5%, 38,5%) van de overblijvende gastro-enteritis gevallen verantwoordelijk was. In 2009-2010 steeg dit percentage zelfs tot bijna 70%. Deze relatieve toename van het G2P[4] genotype werd eveneens bevestigd door data van het “Rotavirus Surveillance Netwerk België” (RSNB) dat onder impuls van Prof. Marc Van Ranst sinds 2007-2008 rotavirus positieve stalen analyseert uit heel België. Partiële data van het RSNB voor het seizoen 2010-2011 tonen echter een afname in het relatieve belang van het G2P[4] genotype tot ongeveer 20%.

Aangezien fluctuaties in de genotypedistributie ook werden waargenomen vóór introductie van rotavirusvaccins, en er in het seizoen 2010-2011 minder G2P[4] genotypes werden waargenomen dan in de andere seizoenen na vaccinintroductie spelen zeer waarschijnlijk ook andere factoren dan selectieve druk door vaccinintroductie een rol in fluctuaties in de genotypedistributie. Welke deze andere factoren zijn is voorlopig onduidelijk, hoewel homotypische immuniteit opgebouwd door voorgaande infecties en ongekende toevalsfactoren waarschijnlijk ook een belangrijke rol spelen.

Het RSNB zal de komende jaren de rotavirus genotypedistributie in België zeer aandachtig blijven opvolgen om mogelijke veranderingen snel waar te nemen. Eveneens zullen nieuw geïntroduceerde genotypes, zoals P[6] of nieuwe varianten van bestaande genotypes zoals P[8] in detail bestudeerd worden.